La famille de Mirepoix était très liée au
catharisme. On retrouve trace des passages de
Guilhabert de Castres et d'autres parfaits à Mirepoix et sa région. D'après les archives de l'inquisition, il y eut en
1206 un grand concile cathare. Blessé dans un attentat en
1204,
Pierre-Roger de Mirepoix le Vieux reçoit le consolament des mains de
Guilhabert de Castres à
Fanjeaux.
Le château de
Montségur est construit ou reconstruit en
1204, sur l'ordre de
Raymond de Pereille, membre de la famille de Mirepoix.
Fuyant après sa défaite en
1209,
Pierre-Roger de Mirepoix est dépossédé de ses terres au profit de
Guy de Lévis.
Assiégée en
1223 par
Raymond-Roger de
Foix, Mirepoix est reprise par
Pierre-Roger de Mirepoix. Le catharisme reprend alors de la vigueur sur les terres de Mirepoix (réinstallation notamment du diacre cathare, Raymond Mercier puis de
Guilhabert de Castres lui-même, vers
1227).
Le Traité de Meaux, en
1229 redonne la seigneurie de Mirepoix à
Guy de Lévis (la «Terre du Maréchal»), dont les descendants garderont dorénavant la possession. Mirepoix dépend alors directement de la couronne de France, à la différences des autres terres du comte de
Toulouse.
On revoit
Pierre-Roger de Mirepoix en
1242, lors du massacre des inquisiteurs à Avignonet, puis bien sûr à
Montségur ... avec un nombre important de ses proches au moment du siège de celui-ci en
1244 qui finiront dans le bûcher (Corba de Pereille, châteleine de
Montségur et femme de
Raymond de Pereille, Esclarmonde de Pereille, leur fille) ou passeront les interrogatoires inquisitoriaux (Alazaïs de Massabrac, soeur de
Raymond de Pereille, ses deux filles, Philippa, l'épouse de
Pierre-Roger de Mirepoix et Arpaïx de Rabat, ...) dans les jours qui suivirent la chute du château.
