En
1209, Puycelci est cité comme étant propriété du comte de
toulouse et abritant des
cathares. Cependant, la ville se livra à
Simon-de-Montfort vers
1211, à la suite de la prise de Lavaur.
Après le soulèvement de quelques villes et places fortes, Puycelci revient sous la domination de
Simon-de-Montfort en Mai
1212.
Libéré du joux des envahisseur, Puycelci redevint le théatre d'un siège caractéristique des combats du Moyen-Âge. L'abandon des croisés, à la suite de la fin de leur quarantaine (période de quarante jours durant laquelle ils étaient tenu de combattre "au nom de Dieu") plaça Guy de Montfort (le propre frère de
Simon-de-Montfort) dans une situation délicate. Suite à une négociation, le village vit son sort rattaché à celui de
Penne d'Albigeois : si
Penne devait se rendre ou était prise, Puycelci se rendrait de même. Guy de Montfort laissa alors le village.
Le Traité de Meaux (
1229) présente alors Puycelci dans la liste des places fortifiées dont les murs doivent être rasés et les fossés comblés.
