Les domaines relevant de Peyrepertuse sont importants au moment de la croisade : de Cubières-sur-Cinoble (près des
gorges de Galamus) jusqu'aux environs d'
Aguilar. Ce territoire étant aussi une position stratégique entre les royaumes de France et d'Aragon, quelques revirements de fidélité se manifesteront au fil du temps.
Comme les familles seigneuriales de
Cabaret,
Saissac,
Durban, ... celle de Peyrepertuse est très liée au
catharisme. Protégeant des chevaliers faidits ou des parfaits, la citadelle a souvent joué le rôle de refuge pendant les événements de la croisade.
Le 22 Mai
1217,
Guillaume de Peyrepertuse fait sa soumission à
Simon de Montfort. Cet épisode sera marqué par le désaccord entre ce dernier et
Arnaud Amaury au sujet du titre de Duc de
Narbonne, revendiqué par chacun d'eux (dans le but de s'approprier le pouvoir temporel lié à la ville). L'archevêque ira jusqu'à excommunier
Simon de Montfort en
1211
Ne respectant pas ses engagements,
Guillaume de Peyrepertuse est excommunié en
1224. Le traité de Meaux (aussi appelé traité de Paris, en
1229) présente Guillaume «soi-disant seigneur de Peyrepertuse».
Il fera sa soumission définitive le
16 Novembre 1240, après avoir participé au soulèvement infructueux du Languedoc (et notamment au siège de
Carcassonne), aux côtés de
Raymond Trencavel.
La forteresse devient alors un des éléments clés de la frontière avec l'Aragon.
